2021年10月6日，時任行政長官林鄭月娥在《施政報告》中提及東鐵綫擬伸延至深圳羅湖口岸，並於現有的羅湖站和上水站之間增設羅湖南站，连接北环线东延段，主要用於服務在羅湖及文錦渡的商住用途。 由於東鐵綫大部分路段屬於露天路段，讓不少九龍西及新界東居民飽受噪音騒擾，其後經九鐵、區議會與環境保護署據理力爭，隔音屏障才能於1991至2001年期間開始裝設。 為配合更換中期翻新列車，新列車在更換期間亦會同時行走，但因新舊列車車門位置不同，自2020年3月中上旬起，沿綫車站月台上均貼上9卡及12卡列車車門號碼標貼。
2007年8月15日，落馬洲支線啟用，落馬洲站連接至落馬洲管制站及深圳福田口岸。 12月20日，舊大埔墟火車站成為香港鐵路博物館，亦由時任區域市政局主席張人龍、九廣鐵路公司主席霍士傑、區域市政總署署長孫明揚等主持揭幕儀式，並於次日起開放予市民參觀。 5月6日，九龍車站至沙田車站電氣化完成，俗稱「黃頭」的英國都城嘉慕製電動列車組投入服務，並由時任署理港督夏鼎基爵士主持啟動典禮。
港鐵路線圖: 港鐵東鐵線過海段｜推新網站介紹路綫｜會展新車站、金鐘新月台等｜首次曝光
其後九廣鐵路的票務系統在兩鐵合併時逐步併入港鐵票務系統，東鐵綫亦改用港鐵車票。 1978年：1月，相關顧問再建議九鐵在雙軌化同時亦進行電氣化工程（此項工程採用英國標準的25千伏交流電，而此標準也為國際長途鐵路所常用）。 而同時亦興建九龍塘站，以便作為連接於1979年通車的地下鐵路轉乘站。 所有的車站均需要重建或遷移，以配合現代化及電氣化計劃需要。 南港島綫 (西段)：興建新鐵路線建接港島綫香港大學站及南港島綫（東段）黃竹坑站，為南港島綫的另一部份。 乘客可以在香港大學站轉乘港島綫，或於黃竹坑站轉乘南港島綫東段。
當時多名廠戶要求政府就賠償問題作調解及仲裁被拒，至今未獲賠償，有廠戶被迫領取綜援甚至最終因破產而自殺身亡。 2021年6月27日：屯馬綫全綫正式通車，原西鐵綫路段所選用的顏色會統一為原馬鞍山綫的棕色。 1999年：九鐵舉行了西鐵車站命名公開比賽，期間共收到約1500份參加表格；而同年9－10月期間九鐵亦公開展出如實物大小一致的西鐵車廂模型，以收集公眾對車廂設計的意見。 █ 何東樓隔音罩安裝工程：將在御龍山和火炭鐵路大樓附屬樓以北的位置安裝一幅面積達600立方米隔音簷蓬，亦在火炭鐵路大樓附屬樓以南亦會安裝石屎牆及隔音板。 港鐵路線圖 將軍澳綫沿綫總共設8個車站，以大部份車站位處的將軍澳新市鎮為名；北端設有寶琳站和康城站2個總站，以「2+1」班次行走。 2014年2月9日及18日的十天內，東鐵綫分別於大學站及粉嶺站發生兩宗故障，均造成北區大癱瘓。
港鐵路線圖: 荃灣綫轉車站
政府預期古洞站2023年動工，2027年落成，而北環綫則2025年動工，2034年通車。 因應跨境運輸需求的增長，在北環綫增設支綫直接連接錦上路站至落馬洲站。 1988年6月4日14時許，一列九廣鐵路（英段）南行貨運列車在大學站以北（白石角附近，現時為優景里）出軌，列車服務因而暫停至第二天上午10：40分恢復。 例如在沙田站，晚上大批乘客爭先恐後登上接駁巴士，有人甚至爬窗進入。 由於出事地點及其附近路段（尤其是急彎部分）多年來屢次出現不同程度的意外，鐵路公司其後趁政府落實白石角填海工程時，於1995年9月24日凌晨，利用收車時間將路段拉直至與吐露港公路平衡，而行車時間得以縮減一分鐘；而有關工程就耗資6,500萬元。 舊彎位（樟樹灘走線）現在是香港教育大學運動場及香港中文大學賽馬會研究生宿舍二及三座連未撥用土地。
該物業地盤原有12個財團入標競投，但因全數不符合港鐵條件，因而「流標」收場。 港鐵路線圖 「自悠通」原定優惠期至2007年12月31日，但兩鐵合併時被西鐵綫全日通取代。 西鐵綫全日通的使用方式、發售地點、售價和使用範圍與西鐵自悠通一樣，於購買車票當天可無限次乘搭港鐵西鐵綫、所有輕鐵路綫、所有港鐵巴士綫及港鐵接駁巴士K16線。
港鐵路線圖: 屯門站 NAMCO Asobi Park PLUS
2005年12月21日，東鐵一列南行往尖東列車駛至火炭站時，車底的冷氣壓縮器支架鬆脫，九鐵其後檢查全列車的116個壓縮器，共發現9個壓縮器支架出現裂紋，但無向政府匯報。 九鐵於事件在2006年1月嚗光後已為所有壓縮器加上尼龍索帶及U形托架承託以防止鬆脫，由於事出突然，故加上的都是彩色尼龍索帶，被傳媒和乘客覺得列車「好化學」（意即容易破爛）的笑柄。 經過初步調查之後發現，東鐵列車在2003年改用自動列車運轉裝置（TBL 2 ATO，以比利時TBL訊號系統為基礎）後，對列車組件增加達1倍的壓力。 另外，車輪與路軌的接口並非完全吻合而產生震動，令列車懸掛系統可能產生裂紋。 港鐵路線圖 九鐵主席田北辰於2006年1月14日表示，管理局將每晚開會，確保東鐵可以安全行駛後才會開車，並承諾如再有主要組件或其綑綁的尼龍索帶鬆脫，九鐵將即時決定東鐵全線停駛。
1979年：為了籌募資金進行電氣化雙軌工程，九鐵亦參考地鐵上蓋開發的經驗，以「實益擁有權出讓」方式，批出何東樓車廠南廠上蓋發展權（即銀禧花園）。 香港西九龍站位處鬧市中心，有完善交通配套，設有專營巴士、專綫小巴、私家車、的士及非專營巴士上落客設施。 馬鞍山郊野公園至昂平的路段難度不高，最適合父母帶小朋友一起行。 由馬鞍山郊野公園燒烤場起步到昂平約需一小時，整段登山徑大部分為石級，一直向上行，不算陡峭。 九龍城賈炳達道公園是眾多單車公園中，難度偏向簡單的一個，於新車站宋皇臺步行約10分鐘左右便可到達，即使剛學懂踩單車不久的小朋友也可以挑戰。
港鐵路線圖: 港鐵車站列表
為了應付香港社會的長遠發展，港鐵公司一直有發展新鐵路的計劃，以方便擴展其服務範圍，並且提供更完善的服務。 其中部份原先由九廣鐵路公司興建及營運的路線，在兩鐵合併後均交由港鐵負責監督工程及籌劃興建，並且以服務經營權批予港鐵營運。 此外，港鐵亦積極改善車站及列車上的設施，包括興建新的車站入口及行人通道、翻新車站、興建車站洗手間、增加設備隔音屏障及購置新列車等。 港鐵路線圖 東鐵綫前身為九廣鐵路英段，由九廣鐵路公司擁有，在兩鐵合併後交予港鐵公司營運。 東鐵綫共計有16個已落成車站，包括連接前往中國大陸口岸的邊境車站羅湖站及落馬洲站，城際直通車亦同時使用其軌道營運。
- 而東鐵綫過海段的金鐘站、會展站與紅磡站新月台的月台幕門已完成及啟用。
- 約17時10分，原定16時39分由深圳站（即現時的羅湖站）開往九龍的第19次列車駛至，受損的路基因不勝負荷而塌陷，導致機車及頭4節客車車廂出軌並掉落20呎高的路基之下。
- 港鐵公司會於多個港鐵車站增設連接地面至大堂的升降機，方便乘客進出。
- 隨着棺木的運送逐漸由靈車取代，九鐵於1968年末起停止運送棺木前往和合石墳場，結束靈柩運送服務。
- 港鐵發言人表示，港鐵是政府西鐵有限公司的代理人，負責發展天水圍上蓋項目。
，介紹3個新車站及新月台，並釋出加入新車站後的港鐵完整路線圖，會展往金鐘站的一段，將會以橫跨港島線的方式呈現。 動態路線圖及車卡通道報站顯示屏，於2015年12月增設的設備，動態路線圖顯示屏由台灣凌暉科技（LWO）製造。 讓乘客知道下一個車站之站名，以取代新聞直線報站彈出之字幕。 列車空調系統,由日本東芝製造，空調機組採用R407C環保雪種。
港鐵路線圖: 下載個別 PDF
紅磡至美孚︰這種列車為回廠車，星期一至六早上繁忙時間後，部份由紅磡往八鄉車廠的回廠車，會載客至美孚站才清客，大幅加密紅磡往美孚的列車班次，亦避免浪費可載客的班次。 由當列車離開大欖隧道會回到地面，在隧道出口至車站之間建有港鐵八鄉車廠，錦上路站旁設有西鐵綫的辦公室港鐵錦田大樓。 而西鐵綫的其餘路段，即錦上路站至屯門站（兆康站除外，兆康站為地面車站），則大部份建於高架橋之上，橋上均設有緊急逃生通道。 這是避免對周遭的景觀造成影響以及市區地段沒有多餘空間興建高架橋或地面鐵路所致。
東鐵綫繁忙時間最密可每約2.7－3.3分鐘一班車；而非繁忙時間以及深夜時段則維持約5－10分鐘一班。 由2020年2月4日起，因應2019冠狀病毒病疫情擴散，羅湖站、落馬洲站及馬場站關閉，而城際直通車亦同樣停駛。 2022年5月14日，東鐵綫過海段通車儀式在會展站舉行，時任香港行政長官林鄭月娥、運輸及房屋局局長陳帆、財經事務及庫務局局長許正宇、港鐵主席歐陽伯權及行政總裁金澤培等皆有出席。 港鐵路線圖 ），但最終未有使用此名，並且於東鐵綫過海延伸後仍繼續維持原稱。
港鐵路線圖: 紅磡站全新東鐵綫月台
2010年6月15日，隨著最後一班北上郵政貨運列車由國際郵件中心開出，港鐵跨境貨運服務正式終止。 港鐵表示，通車後的東鐵綫過海段貫通新界東北、九龍中及香港島，同時會有4個轉車站，連接5條鐵路綫。 東鐵綫沿綫乘客毋須轉綫即可直達灣仔北及金鐘一帶的商貿、會展及金融中心。 因應位於東九龍半山的彩雲道及佐敦谷發展計劃，與及安達臣道發展計劃，再加上彩雲、四順、秀茂坪多個屋苑本身的交通需求，對目前連接鐵路站的路面負荷構成嚴重的壓力。
實際上，前往北區、大埔區或沙田區亦同樣有便利的巴士服務（如往來天慈邨及上水鐵路站之間的九巴276線、往來元朗西和大埔墟鐵路站之間的九巴64K線以及往來天富苑和沙田瀝源邨之間的九巴269D線）。 建造西鐵期間一份2億8,700萬元的鐵路至控制中心傳送線路工程因為承建商西門子公司未能按進度進行，九鐵公司被揭發不但沒有索償，反而額外付款1億元予承建商延續工程，以期不致拖延通車。 為減低對路面及環境的影響，廣東道至梳士巴利道間的隧道採用「小龍女」隧道鑽挖機鑽挖隧道。 由佐敦道起（即柯士甸站至南昌站的一段）因工程對地面的影響則相對輕微，採用明挖回填的方法挖掘隧道。 香港有不少鐵路迷，其中如 facebook 專頁「港鐵未來路線圖 MTR Future Map」，便不時會更新自製的港鐵未來路線圖。
港鐵路線圖: 沙田至中環綫
他敦促港鐵檢討事件，並加快在東鐵綫沿綫加裝屏障，防止因塌樹損毀電力系統。 不過鄭家富的言論令港鐵工會不滿，指港鐵員工通宵加班照顧乘客。 港鐵路線圖 1982年－2022年：於1982年5月6日正式投入服務的都城嘉慕列車（通稱「電氣化火車」，未翻新列車稱「黃頭」；已翻新列車稱「烏蠅頭」），後來前九鐵於1991年增購同型號列車。 港鐵路線圖 頭等車票：自蒸汽火車時代，九廣鐵路英段一直設有不同車廂等級；而九廣鐵路自電氣化起，簡化為普通等及頭等兩個等級，乘搭頭等須繳付頭等附加費。 現時，普通等與頭等設不同的車票，選搭頭等的乘客需先於東鐵綫各站售票機或任何車站的客務中心購買頭等車票。 2000年，政府發布《鐵路發展策略2000》，當中亦提出興建北環綫，但因羅湖邊境管制站出現嚴重擠塞，政府決定在興建北環綫前興建落馬洲支線以應付跨境客運量。
港鐵公司、中國鐵路廣州局集團、中國鐵路上海局集團聯合營運來往香港紅磡站至廣州、上海及北京的城際客運列車服務。 通常直通車會全程使用本綫的正線（羅湖-火炭-紅磡），並在整段九廣鐵路（廣深鐵路及東鐵綫）上以指定十輛韶山8型電力機車（廣鐵）或Lok 2000型電力機車（港鐵）牽引。 現時東鐵線乘客於紅磡轉乘屯馬線，需要先上大堂，走一段路程前往屯馬線月台。
港鐵路線圖: 列車編組
校正列车位置，通过Wi-Fi连续地传送ATP信息，实现移动闭塞。 同时采用西门子Trackguard Sicas ECC電子聯鎖系統和Clearguard TCM 100音频无绝缘轨道电路代替既有设备，保留信号机等轨旁设备。 新系统调试及新老系统割接作业原定于2019年内完成，然而受反對逃犯條例修訂草案運動的影响，部分轨旁通信线遭破坏需要修复，新系统启用的日期被推迟至2020年。 而在新系統於2020年9月12日啟用前一日，由於技術問題需時修正，導致新訊號系統第二次延遲啟用。 東鐵綫首班經上水站往落馬洲站的列車於上午5時28分由旺角東站開出；尾班車開往金鐘站則於零時04分由上水開出。
港鐵路線圖: 金鐘站將成超級轉車站
港鐵就東鐵綫事故對乘客造成影響致歉，表示會深入調查事故原因，以及會在收車後將進行深入檢查。 及後，港鐵調查發現此次故障源於訊號系統發出有問題指令，估計屬軟件運作有問題，已要求承辦商加強系統軟件穩定性和盡快完成新軟件測試，不過新軟件最快要1至2個月後才可投入應用。 港鐵公司於2010年6月16日停辦鐵路貨運前，東鐵綫曾經是香港唯一有經營貨運業務的鐵路綫，廣深港高速鐵路香港段啟用前，本綫是香港唯一的城際客運鐵路綫。 客運服務由紅磡站至羅湖站和落馬洲站，全長約41.5公里；而貨運服務當時由紅磡的貨場運送貨物來往中國各大城市。 現時在香港境內，雖然港鐵公司仍然保留各車站貨場的使用權，可是現在只有羅湖編組站仍在運作。
港鐵路線圖: 港鐵太和站六旬翁墮軌亡 東鐵線列車服務一度受阻
香港特區政府於2005年6月24日將已審批的九龍南綫方案刊登憲報，8月開始批出合約，而土木工程則於2006年開始。 隨著九廣鐵路在1975年由尖沙咀縮短至紅磡，來往兩地只能依賴路面交通，如巴士、小巴等。 尖沙咀在1970至80年代迅速發展為商業及旅遊中心，區內交通日漸繁忙。
其後有一名男乘客阻止該兩名阻礙列車開出的乘客其行為，雙方更推撞並爆發罵戰。 而網民對事件評價兩極，有人質疑行李尺寸合共175厘米，超過規定的170厘米。 亦有人質疑港鐵職員為何不事先將該行李帶離車廂，讓該兩名乘客繼續阻礙列車開出。 直至2012年7月24日早上7時半，經搶修後，東鐵綫全綫恢復通車。 但在早上10點過後，8號風球除下，大批市民出門上班，港鐵觀塘綫九龍塘站往油麻地方向的月台上，非常擠迫，一般要等3班車才上到車。 1984年11月25日早上8時50分，一列由紅磡駛往上水的九廣鐵路（英段）本地線列車，到達上水站落客後，列車需駛入中線路軌，以便調頭後再駛入南行月台往紅磡。