近年來，輕鐵的行車正點率及票務設施正常操作率均在99%以上。 港鐵系統於香港伸展，由觀塘線、荃灣線、港島線、東湧線、將軍澳線、東鐵線、屯馬線、及迪士尼線共9條港鐵路線組成，總長度168.1公里，共有80個車站，當中有4個車站和輕鐵系統連接、1個車站和纜車系統連接、3個車站和機場鐵路系統連接。 2007年10月9日，地鐵有限公司的獨立股東於股東特別大會上表決贊成與九鐵合併的方案。 將來九廣鐵路公司現有的本地鐵路業務、計劃中的鐵路發展、九廣鐵路沿線的物業發展權將交由地鐵公司管理，並有50年的專營權（可延長），而九鐵公司只保留鐵路業務的資產和負債。 地鐵公司為是次合併需先繳付42.5億及每年繳付7.5億元予九鐵公司作為租用鐵路資產的租金，和一筆過繳付77.9億以收購九鐵公司現有鐵路上蓋物業的發展權，而原來九鐵鐵路業務的收益需與九鐵公司對分。
於2008年11月24日，港鐵公司與香港特區政府簽訂委託協議，據此，政府委託港鐵公司就高速鐵路展開設計工作，費用由政府承擔。 在這個基礎上，香港立法會財務委員會於2008年5月通過撥款24億港元，以投入沙田至中環線的設計和地盤勘測工程。 於2008年11月24日，港鐵公司與香港特區政府簽訂委託協議，據此，政府委託港鐵公司就沙田至中環線展開設計工作，費用由政府承擔。 港鐵物業管理有限公司 港鐵公司近年更邁向國際，不斷集中於中國內地或歐洲主要城市的鐵路相關項目提供全方位顧問服務，為未來投資創造條件，或透過顧問工作提升集團員工的專業技能。 現時，港鐵公司除營運鐵路外，亦從事多元業務，透過利用其鐵路資產及專業技術拓展至其他業務領域（包括出租列車與車站廣告媒體、車站內的零售商鋪），並透過在港鐵公司鐵路範圍內可使用個人電訊服務設施獲得收入。
港鐵物業管理有限公司: 發展新方向（2000年至2007年兩鐵合併）
同日，港鐵董事局主席馬時亨代表港鐵向公眾道歉，同時宣布多名管理層人員離職，當中包括工程總監黃唯銘，即時生效，而行政總裁梁國權則提早退休，馬時亨則曾兩度請辭但被留任，以於全球招聘並甄選因沙中綫偷工醜聞而出缺的新管理層人選。 港鐵於6月中旬向政府提交港鐵沙中線紅磡站的報告，但中科的證供不被公開，港鐵當時指因涉及刑責問題；中科於6月26日回覆傳媒稱已就相關事宜先後3次聯絡港鐵採證負責人，及1次聯絡港鐵工程總監黃唯銘，但卻全數被拒聽。 中科繼而改為聯絡路政署，並已初步獲署方回覆正處理會面要求。 中科又表示，在向港鐵作供期間，多次被禮頓的法律代表，以超越臨時寬免保密協議範圍為由打斷，當時禮頓並無反對中科已作出的證供，而港鐵及港鐵律師亦並無任何表示。
於早上繁忙時間，港島綫的列車班次最短可達120秒一班，載客量最多的港鐵伊藤忠近畿川崎列車，每小時載客量可達120,000人次。 港鐵列車數目由地下鐵路公司成立時的140卡車廂，增加至1863卡。 港鐵公司亦提供前往中國大陸（北京、上海和廣東省）的城際客運服務，以及為乘客提供本地接駁巴士服務。 ；而於香港交易所的中文簡稱地鐵公司於2007年12月6日才改稱港鐵公司；兩鐵正式合併後，引入可加可減機制以牽制鐵路的票價。 而合併後已經廢除轉車後的第二程車資，並提供不同幅度的減價優惠予乘客，但不包括輕鐵、過境綫，以及機場快綫；而《地鐵條例》適用範圍擴至原九鐵路線，並易名《港鐵條例》。
港鐵物業管理有限公司: 巴士服務
北京地鐵四號線不但是京港合作其中一個最大的投資項目，也是中國國內首個以公私合營（PPP）模式合作投資的鐵路項目。 行政會議於2005年6月30日批准港鐵公司對西港島線進行詳細規劃和準備工作，並在2007年10月23日通過該線的財務安排，及根據《鐵路條例》刊憲。 港鐵公司與地方社區保持密切溝通，聽取意見，務求在設計上兼顧地區傳統特色和市區重建機會，以求開創一條“社區鐡路”。 港鐵物業管理有限公司 路線將會把現在的港島線延長，由上環經西營盤，大學西延至堅尼地城，詳細設計已於2008年初展開。 這個項目已於2009年3月20日刊憲批准進行工程，預計於2009年動工，並於2014年完成。 香港特區政府於2008年3月批准港鐵公司就沙田至中環線展開規劃和設計。
隨著業務持續發展，港鐵公司亦從有關鐵路的其他業務中賺取收入，包括經營廣告服務、車站小商店租賃及提供電訊服務；而且亦積極在香港以外跟其他機構合作，提供鐵路顧問服務，興建及營運倫敦地上鐵、深圳地鐵、北京地鐵等城市的鐵路系統。 近年，港鐵更成為「國際都市鐵路聯會（CoMET）（页面存档备份，存于互联网档案馆）」的創會會員之一，及成為「國際公共交通聯合會（UITP）（页面存档备份，存于互联网档案馆）」的會員之一。 2008年8月，港鐵公司成為唯一提供「北京奧運馬術比賽鐵路運輸服務」的交通運輸機構。 在電子票務方面，港鐵公司成立了附屬公司「八達通卡有限公司」從事智能卡系統的營運，港鐵及其他主要交通營運商均利用八達通系統收取大部份車費，八達通卡公司更將其業務拓展至非運輸行業。 港鐵公司在香港經營主要以鐵路為基礎的運輸系統──綜合港鐵系統，包括由九條本地城市軌道路線組成的港鐵系統、過境服務、一個輕鐵系統和一條高速的機場鐵路。 整個系統總長211.6公里，有82個港鐵車站和68個輕鐵車站。
港鐵物業管理有限公司: 業務
八達通卡由八達通卡有限公司擁有，八達通卡有限公司為港鐵公司的非受控制、間接附屬公司，而港鐵公司為該公司的最大股東。 港鐵公司擁有八達通控股有限公司57.4%的已發行股本，而八達通控股有限公司則擁有八達通卡有限公司全部已發行股本，八達通控股有限公司餘下42.6%已發行股本由九廣鐵路公司、九龍公共巴士控股有限公司、城巴有限公司及新世界第一巴士服務有限公司擁有。 儘管港鐵公司持有八達通控股有限公司57.4%已發行股份，但該公司於八達通控股有限公司董事局會議的投票權以49%為限，而概無八達通控股有限公司的股東可能夠單方面控制八達通控股有限公司的董事局。
同時，港鐵公司在香港交易所中的總市值超過1,500億港元，成為總市值最大的基建類公司。 目前為止，港鐵公司一直維持超過50%之一的營運盈餘，得以收回投資資本，令其成為全球少數能在營運公共交通系統中有盈利的公司，而且是世界唯一不再需要依賴政府補貼（如鐵路上蓋物業等）營運的城市軌道交通系統運營商。 2008年，港鐵在香港的專利公共交通工具市場佔有率為42.7%。 2013年，港鐵在香港的專利公共交通工具市場佔有率為46.9%。 政府在1981至1995年期間多次增加該公司的法定資本至327億港元使地下鐵路公司可應用資本以興建包括機場鐵路在內的鐵路。 截至1997年3月31日止，經財務委員會批准，已向地下鐵路公司注資合共約321億港元。
港鐵物業管理有限公司: 物業管理
於2008年全年昂坪360纜車及昂坪市集，為港鐵公司帶來1.56億港元的收入，旅客人數逾160萬人次。 港鐵公司還推出私人包廂服務，並與圓方、青衣城及港鐵友禮會聯合推出推廣活動以吸引旅客。 事實上，今年迄今僅一個半月內，政府官地、「一鐵一局」項目先後宣告流標。 其中，赤柱環角道豪宅地皮接獲4份標書，最終因地價標金未達到政府底價，1月10日宣布流標，為本財年第二幅流標的官地。 於學校餐廳提供餐飲服務,包裝午餐,飯堂打掃清潔,抹乾餐具等; 準僱員需自願進行《性罪行定罪紀錄查核》。
這些新鐵路線是港鐵公司有史以來最大規模的網絡拓展工程，為港鐵公司未來發展，奠定堅固的基礎。 在興建鐵路的同時，港鐵公司根據與多家物業發展商訂立協議，參與發展港鐵站及車廠上蓋及附近的住宅及商用為主的物業。 港鐵公司從這些發展項目所得的利潤補充相關鐵路收益，從而提高興建新鐵路線的投資回報率。 2017年11月23日，騰訊公司與香港鐵路有限公司正式簽署合作協議，雙方就微信支付和WeChat Pay 港鐵物業管理有限公司 HK（微信香港錢包）在港鐵的移動支付業務展開合作。 港鐵公司擁有高水平的專業人員團隊，在鐵路營運的每個階段都具有豐富經驗，可向下列客户提供服務：策劃及施工單位、建造商、承包商、政府機關及世界各地機構。
港鐵物業管理有限公司: 公司總部
物業發展是港鐵公司業務的重要組成部分，並提供一個重要的收入來源，為鐵路項目的興建成本提供資金，同時亦因在物業發展項目附近產生的載客範圍而有助增加日後的鐵路路線提供大量的乘客量。 港鐵於大部分時段在每日提供約19小時的服務，其中東鐵線及屯馬線為19.5小時，大約由香港時間上午5時28分至翌日凌晨1時30分。 於早上繁忙時間，港島線的列車班次最短可達124秒一班，東鐵線更可加密至約60秒一班，載客量最多的西鐵線列車，每小時載客量可達120,000人次。 港鐵列車數目由地鐵通車時的140卡，增加至1863個車廂。 例子包括數個港鐵大型屋苑，如九龍灣站的德福花園、葵芳站的新葵芳花園、荃灣站的綠楊新邨、青衣站的盈翠半島、坑口站的蔚藍灣畔、康城站的日出康城和將軍澳站天晉等等。 業權分佈往往和樓面面積無關，港鐵站及車廠就已經在公契中佔總業權的51%，代表港鐵可以絕對話事，壟斷屋苑的物業管理權。
- 觀乎2023年官地市場及「一鐵一局」均未有任何項目成功批出。
- 於2009年5月18日，港鐵公司與瀋陽市政府及瀋陽地鐵集團有限公司就瀋陽地鐵一、二號綫的營運及維修項目，簽訂《瀋陽市地鐵一、二號綫特許運營承包協議》。
- 港鐵由招標、興建到管理，一站式包攬上蓋物業發展項目，業主購入單位時， 只能被迫接受港鐵管理其屋苑。
- 因此，港鐵公司與九龍巴士公司（九巴）訂立商業協議，以經營前往大埔、沙田、火炭及紅磡的東鐵線接駁巴士路線。
設施包括室內游泳池、健身室、舞蹈室、兒童遊樂場、電視遊戲室、閱讀室、保齡球場、桌球室、卡拉OK室、美容中心、迷你電影院、室內運動場、多用途室、網球場及搖控賽車場。 君傲灣提供1,472伙住宅單位，建築面積由576平方呎至1,055平方呎。 物業間隔有2房2廳、3房1廁、3房套房、3房套房加1個工人房，每戶均設有露台。 港鐵公司致力保持最高的企業道德及誠信標準，全體員工在其日常工作中均遵守《工作操守指引》，以鞏固公司內的誠信文化。 深圳地铁4號綫大致呈南北走向，连接福田区和龙华区，由福田口岸站至牛湖站，全长31.3公里，共设23个车站。 2020年7月23日，深圳市政府宣布港铁（深圳）和中铁电气化局组成的联合体成功中标深圳地铁13号线项目，将以建设－经营－转让模式（BOT模式）和合资方式联合经营13号线。
港鐵物業管理有限公司: 香港鐵路有限公司有控制權
中國大陸為港鐵公司業務發展策略的重點，主要集中在城市鐵路的開發及投資，並為中國大陸提供鐵路營運、物業管理及顧問服務。 目前，北京港鐵4號綫、14號綫項目進展暢順，港鐵公司亦為深圳市軌道交通四號綫項目獲得審批作好準備，並繼續在杭州、蘇州、天津及武漢等主要城市以及北京及深圳尋找更多類似投資項目機會。 約46億元人民幣或成本總額的30%由港鐵公司、北京市基礎設施投資有限公司及北京首都創業集團有限公司聯合組成的公私合營公司“北京京港地鐵有限公司”承擔，三方在合營公司中分別擁有49%、2%及49%的權益。
二零零七年十二月二日，由政府全資擁有的九廣鐵路公司所經營的網絡合併由地鐵公司營運。 地鐵有限公司的中文名稱更改為香港鐵路有限公司(港鐵公司)。 港鐵公司於二零一一年透過兩家全資附屬公司港鐵軌道交通 (深圳) 有限公司和港鐵物業 (深圳) 有限公司成功投得位於深圳市軌道交通四號綫 (龍華綫) 車廠的一幅土地作物業發展。
港鐵物業管理有限公司: 車站商務及鐵路相關業務
2007年8月8號，香港政府宣佈錢果豐、周松崗係新公司嘅候任主席同行政總裁。 2007年12月2號兩鐵合併嗰日，地鐵有限公司改名香港鐵路有限公司，經營由地鐵同埋九鐵合併而成嘅港鐵鐵路系統。 為配合香港社會的不斷進步，這標誌於1996年亦換上新面貌，除保留原有徽號外，更改為加上“地鐵公司”的中英文字樣，充分體現香港作為一個國際性都市的堅毅進取特質。 港鐵公司於“鐵路人‧鐵路心”義工計劃中共參與86個社區項目，參與義工達1,800人而受助者則有12,000人。 港鐵物業管理有限公司 在4號線全線通車前約12個月，港鐵軌道交通（深圳）有限公司會着手營運4號線一期，為全線通車做好準備工作。
2009年，九龍南綫竣工，西鐵綫伸延至尖沙咀，紅磡站成為東鐵綫和西鐵綫的終點站。 近年，在香港的5個新鐵路項目正處於不同的規劃和建造階段，而落成後將使港鐵公司的網絡增加約60公里。 截至2008年底，港鐵公司已經為中國、亞洲、澳大利亞、中東以及歐洲的鐵路項目提供鐵路定線和訊號系統等的顧問服務。 港鐵公司還提供其他專業顧問服務，範圍包括鐵路策劃、施工項目管理、建造、營運、維修、資產更新、物業發展和其他非車費收入的顧問服務。 君傲灣為港鐵將軍澳站之物業，由港鐵物業管理有限公司管理，並已於2006年中入伙。 港鐵公司再於2008年11月跟瀋陽市政府及瀋陽地鐵集團有限公司簽訂協議，成立特許經營公司營運全長50公里的沈阳地铁一號綫及二號綫。
港鐵物業管理有限公司: 工程主管內部評核試疑大規模作弊
以德福花園為例，居民擁有的住宅部份只佔24%，而港鐡擁有的車站(51%)及商場(25%)已共有該地段的76%。 由於港鐵持有大部份的業權份數，所以基本上亦得到了屋苑的管理「話事權」。 本會翻查港鐵網頁，經點算後，港鐵共有42個住宅項目，相信當中部份亦出現此「港鐵管理霸權」情況，特別是屋苑位置就在車站上蓋或相鄰的地方，那麼在同一份公契的可能性相當大。 此外，港鐵營運的機場快綫，為旅客提供高速鐵路專綫，連接市中心和香港國際機場以及香港大型展覧及會議中心─亞洲國際博覽館。 在澳門輕軌建設時，澳門政府曾于2009年、2012年、2016年三次將澳門輕軌氹仔線的管理及技術援助外判外國的合營公司。 港鐵物業管理有限公司 2016年，澳門政府與該家外國公司外判合約結束後將把澳門輕軌的管理及技術援助服務外判給港鐵，為期兩年。
港鐵物業管理有限公司: 黃埔物業管理有限公司 – 香港仔中心 (WHAMPOA PROPERTY MANAGEMENT LIMITED – ABERDEEN CENTRE)
該業界人士指，一般承建商有做ISO認證，應一套嚴格標準施工，質疑承建商禮頓未有跟隨，自從沙中線爆出鋼筋被剪短醜聞後，自己亦告誡親友日後避免前往該月台搭車。 不過，田北辰於6月24日於電台節目引述消息指，涉事鋼筋多達兩成，即有5,000多支被剪短，建議拆除混凝土抽檢鋼筋。 《香港01》訪問了兩名工程師，二人均指，如要得知鋼筋「真相」，除了移除石屎，別無他法。 港鐵5月31日首次公開回應事件的新聞稿中，沒有交代被剪鋼筋的數量。
港鐵物業管理有限公司: 公司管理每況愈下 鐵路安全無保證 撞車、出軌嚴重事故頻生
修正早期系統觀塘綫於1979年10月1日正式投入服務，市區鐵路網絡隨即迅速發展。 一年後，首條連接香港的港島及九龍的鐵路綫亦投入服務，為香港當時的交通服務帶來重大的改變。 1989年，東區海底隧道竣工，觀塘綫伸延至香港島，成為第二條過海鐵路。 機場快綫及東涌綫的機場鐵路於1998年開始營運，連接香港市區與赤臘角新機場及東涌新市鎮。
自2015年開始，與樂在棋中社會企業合作，出版了一系列港鐵沿途有禮桌上遊戲和繪本故事。 並每年於香港書展兒童天地設立專題攤位，向欲眾推廣安全訊息。 2009年8月16日，九龍南綫正式通車，西鐵綫經新啟用的柯士甸站和已有的尖東站延伸至紅磡站，紅磡站成為東鐵綫和西鐵綫的終點站。
港鐵物業管理有限公司: 還原「物業帶動鐵路」的歷史時空
於2003年，TraxComm興建並開始營運經加強的網絡，有關網絡與現有的光纖網絡同時運作，令整體網絡速度提升至100千兆（Gbps）。 另外，港鐵公司未來將會發展其他新支綫，以便應付香港長遠的發展，當中包括南港島綫（西段）、北環綫及北港島綫等。 港鐵公司亦有意參與探討港深機場聯絡綫（香港段）及啟德環保運輸系統項目的興建及營運。 港鐵系統於香港運作，由觀塘綫、荃灣綫、港島綫、東涌綫、將軍澳綫、東鐵綫、屯馬綫、迪士尼綫及南港島綫共9條港鐵路綫組成，總長度超過285.0公里，共有98個車站，當中有4個車站和輕鐵系統連接、1個車站和纜車系統連接、3個車站和機場鐵路系統連接。 將來九廣鐵路公司現有的本地鐵路業務、計劃中的鐵路發展、九廣鐵路沿綫的物業發展權將交由地鐵公司管理，並有50年的專營權（可延長），而九鐵公司只保留鐵路業務的資產和負債。
於2009年3月18日，港鐵（深圳）公司與深圳市政府就龍華綫項目正式簽署了《特許經營協議》。 港鐵物業管理有限公司 根據是項《特許經營協議》，港鐵公司負責投資及建設龍華綫二期，並需負責龍華綫所有運營、維修及資產管理等方面的開支，而深圳市政府會提供適當財務支持，並營運全綫30年。 港鐵物業管理有限公司 於2009年6月9日，國家工商總局授權深圳市工商局正式簽發了企業法人營運執照給港鐵（深圳）公司，標誌龍華綫全綫逐漸轉入運營階段。 在龍華綫全綫通車前約12個月，港鐵（深圳）公司會著手營運龍華綫一期，為全綫通車做好準備工作。 整條龍華綫工程已於2011年6月16日，深圳舉辦第二十六屆世界大學生運動會前竣工通車。
2020年2月3日起，受COVID-19疫情影響，客量大減，氹仔線改為星期一至四班距10-15分鐘；星期五至日及公眾假期班距8-15分鐘。 2019年1月8日，運輸基建辦公室宣佈輕軌氹仔線預計將於2019年下半年開通，票價正在研究中，另媽閣站的建設工程亦已展開，預計於2024年完工。 深圳地铁13号线将联通后海中心、深圳科技园、留仙洞总部基地、光明新城等地以及东莞各地。 不过现阶段将先开通深圳湾口岸站至上屋北站（現稱「上屋站」）区间段的服务，全长约22.4公里，设站16座，初步预计将于2023年投入服务。 而深圳湾口岸站至东角头站的南延线预计将于2025年建成通车；上屋北站（現稱「上屋站」）至公明北站的北延线预计将于2024年通车；并在公明北站预留与东莞地铁5号线换乘的条件。 2010年7月1日，正式接管深圳地鐵4號綫一期的車務營運工作，並逐步开始进行一期和二期的设备与系统整合。