第一宗意外發生於早上九時許，一輛行走40X線的丹尼士巨龍（AD109，車牌號碼FK5072）在沙安街行駛時懷疑因為閃避途人，失控撞毀一列鐵欄，車長受輕傷。 第二宗意外發生於下午三時許，一輛空載的富豪奧林比安（AV56，車牌號碼GE6568）在小瀝源支路落斜時失控撞山，司機受傷。 駕駛肇事巴士85C線的車長事後被裁定不小心駕駛罪名成立，判罰款$5,000及停牌9個月。 2020年7月14日晚上，一輛行走77K線的丹尼士三叉戟10.6米巴士（ATS114，車牌號碼KL9510）在粉錦公路近打石湖與一輛私家車相撞後剷上路邊防撞欄，車頭嚴重損毀，私家車司機和乘客受傷。
2019年7月19日，早上近11時，一輛亞歷山大丹尼士Enviro 紅磡索螺絲 500 MMC（ATENU1528，車牌號碼VR719）於青山公路－荃灣段往葵涌方向近荃景圍天橋巴士站被一輛往荃灣方向的96線豐田Coaster專綫小巴（車牌號碼LK2887）撞到車尾，小巴上9人受傷。 2018年10月30日，下午五時許，一名車長駕駛一輛行走960線的Enviro500 MMC（ATENU813，車牌號碼TV3120）駛至屯門公路近深井交匯處時突然不適眩暈，巴士失控撞向石壆，2人受傷。 2018年10月23日，上午9時許，一輛行走276B線的丹尼士三叉戟（ATR312，車牌號碼KU6514）駛經天水圍濕地公園路近天葵路時失控剷上左邊路邊花槽，巴士半邊車身擱在花槽上，無人受傷。 2018年9月22日，下午二時許，一輛行走268C線的Enviro500 MMC（ATENU1018，車牌號碼UC3778）在元朗公路近博愛醫院被一輛貨車撞及車尾，巴士右邊車尾損毀，5人受傷。 2018年2月19日下午，一輛行走276A線的Neoplan Centroliner（AP52，車牌號碼JT1993）停泊於天恆邨公共運輸交匯處時疑因機件過熱，車尾突然起火冒煙，消防接報到場灌救並迅速將火救熄，無人受傷。
紅磡索螺絲: 沙田至中環綫
到5月31日，港鐵再度發新聞稿，改口暗示在2015年12月前已得悉有「施工質量問題」，不過未有交代發現問題的確實時間、數量及位置。 路政署發新聞稿指港鐵有責任確保工程質量符合標準，要求港鐵安排獨立第三方專家進行負重荷載測試，並於一星期內提交報告。 2018年5月30日，蘋果日報報道紅磡站地底新建月台兩幅主要牆身，涉及2.6萬個螺絲帽接駁位近兩成螺絲頭破損或移位，不能與月台層的鋼筋接駁扭緊，而負責承建商禮頓不但未有更換問題部件，反偽裝成功接駁，安排工人將鋼筋剪短。 工程師指有關做法令鋼筋拉力大減，影響結構承重能力，最嚴重可致全層倒塌。
消防員到場將火救熄，無人受傷，惟巴士上層已大面積崩塌，車架扭曲變形。 肇事巴士事後因嚴重燒毀而無法修復，並於2020年9月24日正式除牌退役，車齡不足6年。 紅磡索螺絲 2018年3月13日，早上7時許，一輛行走14D線的富豪超級奧林比安（ASV58，車牌號碼KX3566）沿藍田德田街上斜，至康逸苑對開燈位準備左轉時，巴士突然失去動力並溜後，車長見狀即時向左扭軚，巴士順勢鏟上左邊行人路，撞毀路邊鐵欄及花槽，撞向護土牆始停下。
紅磡索螺絲: 發現遺蹟 港鐵拒原址保護
276AJZ57273ASV140富豪超級奧林比安12米，ALX500車身輕微損毀，部分車身被燻黑，復出後繼續行駛，最終於2019年4月2日按照「巴士再生夢」計劃，捐贈予天水圍循道衛理中學作教學用途。 2008年6月18日，早上七時，一輛行走70K線的丹尼士巨龍（AD160，車牌號碼GJ3965）在和睦路及和泰街交界因交通燈失靈，與一輛公共小巴相撞，8人受傷。 第一宗意外發生於凌晨零時許，一輛行走95線的丹尼士巨龍（3AD58，車牌號碼HL8725）在寶林路北行落斜時，因天雨路滑關係而「跣胎」失控，越過對面線撞向路邊鐵欄。 此時南行線上斜的一輛的士收掣不及，撞向巴士車身及反彈撞向路邊石躉。
2013年3月5日，一輛行走265M線的亞歷山大丹尼士Enviro 500型12米巴士（ATE179，車牌號碼LN5477）在荔景麗祖路與聯接街交界與一輛小巴相撞，意外導致8人受傷。 2012年8月6日，早上十一時許，一輛空載的富豪奧林比安（AV159，車牌號碼GY7128）在屯門公路近皇珠路因路面正進行工程而減速，卻遭尾隨一輛旅遊巴撞及車尾，造成18人受傷。 2012年6月3日下午，一輛行駛59M線往荃灣方向的富豪奧林比安11米雙層空調巴士（AV443，車牌號碼HT1541），駛至屯門龍門路龍門站附近準備停站時，患高血壓的車長疑突然失去知覺，全車剷上巴士站，撞倒三男三女候車乘客，其中一名41歲女子捲入車底，送院後不治，其餘傷者情況穩定。 肇事車長涉嫌危險駕駛導致他人死亡被捕，其後於2013年7月31日在屯門裁判法院被裁定罪名不成立，當庭釋放。 2012年4月21日，早上九時許，一輛行走46線的富豪超級奧林比安（ASV73，車牌號碼KZ7576）在旺角彌敦道左轉荔枝角道時，因閃避切線私家車而失控，撞向右邊行人路，掃毀6米長鐵欄，再撞塌行人過路燈，3人受傷。
紅磡索螺絲: 港鐵高層迴避對偷工減料指控
2013年11月9日，一輛行走268C線的Enviro500 MMC（ATENU111，車牌號碼SG793）在黃大仙龍翔道近天馬苑被尾隨一輛旅遊巴士撞及，無人受傷。 2012年11月9日，凌晨一時許，一輛行走279X線的Enviro500（ATE90，車牌號碼LE8548）在青衣西路遭尾隨的一輛的士撞及車尾，的士司機受傷。 2006年7月11日，一輛行走268C線的Neoplan Centroliner 12米巴士（AP151，車牌號碼KR9862）在龍翔道行駛時撞及左邊防撞欄，車長未有察覺車頭被防撞欄插入，扭軚時將整條防撞欄扯脫，然後斷開的防撞欄將巴士推向右邊石壆，意外中8人受輕傷。 2005年4月19日，清晨五時許，一輛空載的丹尼士巨龍（ADS25，車牌號碼FU1098）沿啟福道行車天橋行駛，至建造業訓練中心對開與一輛七人車相撞，七人車司機傷重不治，車長受輕傷。 2003年7月14日，早上九時許，一輛行走59M線的Neoplan Centroliner（AP106，車牌號碼JX6040）在皇珠路近友愛邨對開車尾突然冒煙著火，無人受傷。 2002年12月23日，一輛行走269C線的Neoplan Centroliner（AP11，車牌號碼JD9374）在大欖隧道行駛時，車尾引擎突然冒煙及輕微爆炸，6名乘客不適送院。
《大公報》引述曾躍指，他雖頭部受傷，但仍能爬回路面，並截停路過的另一部、由元朗開出的16號巴士求救，該車隨即轉為「私家牌」，載着曾躍直駛往深井後致電報警。 曾躍事後並表示，事發時巴士司機陳玉田「隨手」攬住身旁一名女孩，以自己的身體保護她。 2020年9月12日，下午四時許，一輛行走6線往荔枝角方向的亞歷山大丹尼士Enviro 500 MMC12米（ATENU864，車牌號碼TW5158）沿深水埗元州街行駛至桂林街交界時被一輛誤踩油門的清洗街道貨車攔腰撞及右邊車身，造成23人受傷。
紅磡索螺絲: 政府不信任港鐵管理 勒令管理層離職
2016年8月16日，上午十一時許，一輛行走63X線的Enviro500 MMC（ATENU146，車牌號碼SH7509）在西九龍走廊近大角咀撞向前面一輛旅遊巴士，旅遊巴士其後衝前撞向七人車，導致三車連環相撞意外，共15人受傷。 2016年5月24日，下午二時許，一輛行走30線的丹尼士三叉戟10.6米巴士（ATS139，車牌號碼KS1014）在荃威花園巴士總站落客後，車尾突然冒煙起火，隨後火勢蔓延至車廂中，下層車廂嚴重焚毀。 2015年10月11日，早上六時許，一輛行走99線的丹尼士三叉戟（ATS16，車牌號碼JJ6076），由普通道經迴旋處轉往西貢警署站時失控，越過對面線撞毀行人路欄杆，再壓毀西貢大會堂外牆的鐵欄，事件中無人受傷。 2015年10月6日，一輛行走268C線的Enviro500 紅磡索螺絲 MMC（ATENU35，車牌號碼SC6295）沿大欖隧道行駛時撞向前面因貨櫃車失事打轉而緊急煞車的968線同款巴士車尾（ATENU146，車牌號碼SH7509），意外導致24人受傷。 2015年3月11日，一輛行走61X線的富豪超級奧林比安（3ASV240，車牌號碼KG3036）駛入屯門市中心巴士總站撞向連接平台及總站的一條樓梯。 2014年12月4日，下午三時許，一輛行走6F線的丹尼士巨龍（3AD44，車牌號碼HJ8202）在油麻地彌敦道停站時遭尾隨行走112線的新巴丹尼士三叉戟（3012，車牌號碼HY3075）撞向車尾，兩名車長及7名乘客受傷。
2007年1月5日，晚上八時許，一輛行走52X線的Neoplan Centroliner（AP73，車牌號碼JU6126）在青山公路—深井段與一輛失控越線、懷疑超載的私家車迎頭相撞，私家車上六人與一名巴士女乘客受傷。 2006年10月9日，下午五時許，一輛行走42C線的丹尼士三叉戟（ATR160，車牌號碼JD3231）在青荃橋往長安迴旋處支路遭鄰線失控撞向石壆傾側的貨車壓向巴士右邊車身，一名乘客受輕傷。 2006年10月3日凌晨，一輛行走葵芳站至安蔭邨的235M線富豪奧林比安11米雙層巴士（AV114，車牌號碼GW5789）在葵涌葵義路轉彎時，與一輛中型貨車相撞，造成6人受傷。 2006年8月11日凌晨，一輛行走旺角火車站至屯門良景邨58X線丹尼士三叉戟12米（ATR331，車牌號碼KV6817）在屯門公路近麗城花園撞向一輛拋錨停下的貨櫃車，巴士車頭嚴重損毀，9人受傷。
紅磡索螺絲: 紅磡站地底隧道出現滲水 需拆石屎重新施工
2014年9月5日，下午四時許，一輛行走40線的丹尼士三叉戟（ATR456，車牌號碼HS3639）在龍翔道與三輛客貨車相撞，兩人受傷。 2014年7月5日晚上，一輛行走960線的亞歷山大丹尼士Enviro 500 MMC12米巴士（車隊編號ATENU9，車牌號碼SA4463）在中環德輔道中近雪廠街與一輛西行往堅尼地城的電車（#79）相撞，意外中有2人受傷。 2014年5月26日，一部行走員工接送車的富豪B9TL 12米巴士（AVBWU138，車牌號碼PX5598）在屯門青雲路近仁濟醫院第二中學撞向前面一部空載的丹尼士巨龍9.9米巴士（ADS212，車牌號碼JC3845），無人受傷。 2014年5月16日，一輛行走11D線往觀塘碼頭方向的富豪B9TL 紅磡索螺絲 12米巴士（AVBWU134，車牌號碼PX5284）在啟業邨巴士站被一部專綫小巴時撞到，巴士右邊車身及車尾損毀，右邊車身玻璃亦碎裂。 2014年5月9日凌晨，一輛駛往元朗車廠的丹尼士三叉戟10.6米巴士（ATS114，車牌號碼KL9510）在元朗宏達路與屏會路交界與一輛的士相撞，兩名司機受傷。
- 約5小時後，即早上11時左右，另一部丹尼士巨龍11米冷氣巴士（AD91，車牌號碼FH2202）亦於同一條公路上發生車禍，撞毀石壆並衝前60米才告停下，事件中有8人受傷，AD91事後因為17年車齡而不作修復，同年9月15日直接除牌退役。
- 2017年8月11日，晚上十一時許，一輛行走61M線的猛獅24.310（AMN14，車牌號碼JM4317） 在光輝圍埋站時被尾隨一輛行走302線專線小巴撞及車尾，6名小巴乘客受傷。
- 至於觀塘綫延綫，由於屬於原有地鐵網絡的延伸，政府於是決定用擁有權方式給港鐵公司興建及營運，並需要填補約22億元的資金差額使之合乎回報率。
- 約四小時後，即下午大約一時許，一輛行走43B線往荃灣西站的富豪超級奧林比安12米巴士（3ASV338，車牌號碼KM7093）在大河道準備進入荃灣西站巴士總站時失控剷上路邊花槽，車頭損毀。
- 1999年2月22日，清晨六時許，一輛九巴都城嘉慕都城11米非空調巴士（S3M53，車牌號碼DP889）剛接載完員工後返回青衣車廠時，駛至青衣西路近油站失控，撞向一個燈箱及路中心石壆後向左翻側，車尾冒煙著火，無人受傷。
- 2014年9月23日晚上，一輛行走58X線的富豪超級奧林比安12米巴士（AVW32，車牌號碼LL4063）在屯門公路近深井遭尾隨行走城巴962X線的亞歷山大丹尼士Enviro 500（8257，車牌號碼RP7795）撞向車尾，27人受傷。
- 2010年11月6日，晚上八時許，一名車長駕駛一輛空載的斯堪尼亞K230UB（ASC5，車牌號碼NW1496）返回上水車廠期間，在大窩西支路錯誤駛入大窩東支路一條限高三米的火車橋底導致巴士被困。
2012年12月18日，一輛行走87K線的Enviro500（ATE89，車牌號碼LE4456）在馬鞍山市中心總站駛入坑位時失控撞向一條石柱，車頭損毀嚴重，車長手部受傷。 2012年11月11日，中午十二時許，一輛行走59X線的Enviro400（ATSE5，車牌號碼RT4306，事發當日是該車正式出牌後第二天載客行走）在屯門龍門路富健花園巴士站撞向前面一輛行走59A線的富豪B9TL（AVBWU57，車牌號碼PS9552）。 2012年8月11日，一輛行走278K線的富豪B7RLE（AVC14，車牌號碼PF7166）由和睦路左轉入粉嶺樓路時撞向停在路邊的政府外判修樹工程車，5人受傷。 2012年7月12日，早上九時許，一輛行走261線的富豪B9TL（AVBWU274，車牌號碼RJ7414）在元朗新田公路近逢吉鄉被鄰線的一輛貨櫃車撞及車身，車長輕傷。 紅磡索螺絲 2012年6月14日，一輛行走6D線的丹尼士巨龍（AD131，車牌號碼GG8659）在九龍城太子道東與一輛校巴及46線專綫小巴相撞後，小巴翻側，10人受傷。
紅磡索螺絲: 工程爭議
政府認為如以擁有權方式給港鐵公司興建，雖然可以減低建造及營運鐵路之風險，但由於需要和其他基建規劃及發展銜接、兩鐵合併、啟德發展人口下降等因素影響，使整個項目在財政安排上並不可行。 政府需要提供約241億元予港鐵公司作為資金差額，也只能通過港鐵公司派發股息，不能直接由沙中線營運上獲利。 加上沙中綫原來由九廣鐵路公司投得，在鐵路建成後，政府可以考慮把沙中綫授予或租予九鐵，使之成為兩鐵合併當中，港鐵公司獲得服務經營權的其中一部份。 這樣就可以按照兩鐵合併中之條款及機制收取服務經營費用，使九鐵公司及其唯一股東──政府受惠。 行政長官會同行政會議於2008年3月11日批准由港鐵公司展開沙田至中環綫及觀塘綫延綫進一步規劃及設計。 政府將分段完成沙田至中環綫，預計於2015年完成大圍至紅磡段，於2019年完成紅磡至金鐘段，金鐘至中環南段則暫時擱置。
運輸及房屋局局長鄭汝樺在2008年10月30日於立法會上，原則上認為在設計及需求上有理據增設顯徑站，並會以此為方向進行規劃。 因為顯徑邨一帶有足夠的人口及社區設施，而且額外興建顯徑站的成本不高。 2018年8月7日，政府指港鐵於6月中和7月13日提交有關沙中綫紅磡站工程的報告有資料不符及嚴重偏差，包括月台的鋼筋連接螺絲帽減少達2000顆，而且兩份報告資料前後出現矛盾。