港鐵（深圳）公司不得不在車站設置鐵馬，引導人流，但仍然無法改變在高峰期運力短缺、秩序混亂的局面。 大量乘客在微博、討論區等表達對港鐵公司的不滿，要求加掛列車，改為六節車卡。 少部分車站的英文命名翻譯與線網內其他路線語法不搭。 例如高新南站，其初期的英文命名為「Hi-tech South」。 深圳地鐵在該站開通後將英文重新翻譯為「Hi-Tech South」，標示牌和修補程式在該站開通後才開始更換和張貼。 而同期建設的5號線西延段的月台幕門只是也出現類似問題，將「往黃貝嶺」的地名漏了大寫，付印為「To huangbeiling」。
該車採用輕型不鏽鋼塗裝車體，亦為深圳地鐵第一條採用B型車和不鏽鋼車體列車，同時亦是深圳地鐵第一條採用軌道供電。 基於3號線架空執行的路線條件和深圳海洋性、多颱風的氣候條件，車輛設計充分採取了安全防範、防腐蝕等多種技術措施，並安裝了大功率空調機組。 此外，深圳地鐵與香港的港鐵東鐵線均連接到深圳市與香港邊界的兩個鐵路口岸——羅湖口岸和福田口岸，乘客乘坐深圳地鐵抵達這兩個口岸並完成通關手續後，可轉乘落馬洲站及羅湖站（港鐵）的港鐵東鐵線前往金鐘站沿途各站。 2004年地鐵一期通車後，深圳地鐵網絡沒有立即繼續擴充。
深圳地鐵: 集团概况
老街站在2011年3號線通車前採用側式疊式月台，在3號線全線通車後採用島式疊式月台，而原有的側式疊式月台則被改為備用月台，只供緊急疏散使用，正常情況下不再對乘客開放。 6號線是聯絡龍華新城、石岩、光明、公明、松崗等片區至福田中心區，為聯絡核心城區與中部綜合組團、西部高新組團的通勤路線，同時亦為4號線分流，可有效緩解4號線的客流壓力。 GOA4全自动驾驶技术的线路，地铁16号线积极挖潜增效，采用国内首个“以行车指挥为中心”的智能运控系统，搭建了四期工程中唯一一个主副“双活控制中心”，实现了系统功能的最大化。 深圳地鐵 同时设置了控制层中心，彻底解决线路信号设备点多线长、维修人员分散和作业低效等问题。
- 反對者認為鑑於中國人對英語的認知水平較低，使用漢語拼音會讓外國人問路更直接簡單。
- GOA4全自动驾驶技术的线路，地铁16号线积极挖潜增效，采用国内首个“以行车指挥为中心”的智能运控系统，搭建了四期工程中唯一一个主副“双活控制中心”，实现了系统功能的最大化。
- 港鐵（深圳）公司不得不在車站設置鐵馬，引導人流，但仍然無法改變在高峰期運力短缺、秩序混亂的局面。
- 過度翻譯的例子還有荔林站之「Litchi Orchards」，其英文命名為將中文逐字翻譯。
- 部分路線因部分區間站距較短，因此會出現沒有粵語廣播的情況，例如7號線皇崗村與往西麗湖方向的石廈站廣播。
- 在站名的英文翻譯方面，深圳地鐵營運初期，各站英文名皆以每字的拼音拼合而成。
13號線 由南至北穿過南山、寶安，連接深圳灣口岸、後海中心、南山科技園、留仙洞總部基地、石岩片區等地。 13號線路線全長約22.45公里，全為地下線，路線兩端均預留延伸條件。 沿途與2號線科苑站、9號線深大東站、1號線深大站接駁。 13號線是連接深圳灣口岸與公明的市域快線，路線跨南山區、寶安區、光明區。 路線連接後海、科技園、留仙洞總部基地、石岩、公明、光明等地，覆蓋中部偏西地區南北向交通需求走廊。
深圳地鐵: 地铁义工特色
該車首列於德國組裝，其餘各列於長春製造，於中國大陸首次實現了現代城市軌道交通客車的國產化。 此車型及其衍生型號後來還被用於上海軌道交通7號線、9號線及廣州地鐵1號線、8號線。 深圳地鐵 自2期車站起車站站廳均建有藝術牆（非深圳地鐵集團建設的3號線、4號線例外），如2號綫後海站在車站站廳展示《姑蘇繁華圖》。 3期開始，車站站廳的藝術牆，是深圳地鐵委託藝術家創作，大部分作品呼應車站所在地區，如筍崗站的藝術牆作品名為《中華第一倉》、園嶺站因鄰近八卦一路美食街，藝術牆作品《家鄉味道》以中國各地著名麵食為主題。
各車站月台曾編有編號，但在2019年起，深圳地鐵集團管轄的車站，大部分月台的編號已移除，除4號線車站之外，而新建的車站亦沒有展示月台編號。 此次工程計劃，亦將地鐵線網覆蓋到遠離市區以及地鐵覆蓋率少的區域，提升市民軌道旅行通達率。 深圳地鐵 100%完成，“三项制度”改革持续深化，不断激活内生动力。
深圳地鐵: 公司公告
2012年9月5日，4號線因故障中止營運長達6個小時，成為深圳地鐵有史以來最嚴重的行車事故。 深圳地鐵暫不提供乘車優惠，票價相當於單程票程，初段計劃每站最少各有兩部閘機進入及離開付費區域，在部分較繁忙的車站如老街站、車公廟站有更多支援掃碼的閘機。 11月5日，隨着深圳地鐵所有車站閘機完成升級改造，所有閘機均支援掃碼過閘進站乘車。 深圳地鐵 深圳地鐵列車共計812列，其中深圳市地鐵集團擁有741列，港鐵（深圳）擁有71列。
在深圳地鐵的營建期間，不少工程及顧問合約皆批出予當時香港地鐵公司（現港鐵公司），第一批員工亦多於港鐵接受培訓，因此深圳地鐵從外觀、設施、至系統細節等，很多地方皆與現港鐵極為相似，車站內部設計更加仿如其翻版。 而2010年接管4號線的港鐵公司，在4號線二期工程和三期工程的各站建設則完全複製了港鐵的車站風格，一期各站經過改造後也接近港鐵東涌線的車站風格。 4號線開通早期，由於其發生故障之多，管理之混亂，服務之低劣，已成深圳市民口中最差的地鐵路線。 自2011年6月至2012年9月，公開見報的事故有25次。
深圳地鐵: 深圳一日遊│2. 深圳西湧天文台
2018年12月28日，深圳地鐵集團在部分車站推出銀聯閃付過閘服務，之後於2019年3月1日全線支援。 同時，帶有交通聯合標誌的全國交通一卡通亦可在深圳地鐵使用（但無法享受任何乘車優惠，計價與普通單程票相同）。 乘客也可以使用銀聯IC卡閃付，或是Apple Pay等繫結了銀聯卡的手機，通過印有「銀聯閃付」字樣的紅色閘機直接過閘。 使用銀聯閃付和交通聯合卡的乘客暫時無法乘坐11號線商務車卡，必須另行購票。
中英關於香港和內地大型跨境基礎設施協調委員會亦增設「增闢皇崗／落馬洲口岸旅客過境通道工作小組」，深圳地鐵專案列為工作小組的重要內容。 同時，深圳政府着力增加國產車輛和機電裝置，降低造價。 政府也將針對深港跨境旅客交通接駁方式、車輛和機電裝置國產化等議題的專題研究納入一系列報告。 國家計委決定將深圳地鐵作為地鐵裝置國產化的依託專案（最終建成時國產化率達70%，平均造價為每公里5.0億元人民幣 ）。
深圳地鐵: 深圳地鐵景點推介｜3. 歡樂海岸 合家歡夢幻打卡之選 仲有戶外玩水場地
3號線一、二期均以花卉圖案作車站裝飾，部分圖案更切合車站名稱，如荷坳站以荷花作圖案。 4號線因為是港鐵（深圳）施工建設，所以建築風格與港鐵相仿。 深圳地鐵車站，依次以老地名、片區名稱、公共設施、路線途經橫向道路命名。 深圳地鐵 車站可採用大型公共設施的名稱命名，但不採用樓盤等商業性的地產專案名稱來命名。
增設冠名廣告的車站的普通話報站聲帶多重新錄製，語速加快，但也有將冠名廣告聲帶直接插入於原有的報站語音中的情況（如1號線華僑城站）。 為一步壓縮客流密集區段的行車間隔，2號線、3號線、4號線、5號線、6號線、10號線、11號線均開行了大小交路列車，但不同公司的稱呼有所差異。 而1號線的訊號系統有別於兩線訊號系統，除來往前海車廠進行大修外（在斷電狀態下由柴油機車牽引），列車不能互通。
深圳地鐵: 深圳地铁线路图
每年7月份的地鐵客運量處於全年最高水平，佔全年客運量的9.3%。 由於深圳外來人口比例較大，因此1月份的地鐵客運量處於全年最低水平，僅佔全年客運量的6.7%。 3號線呈西南-東北走向，緩解了布吉、南灣、橫崗、龍城、龍崗等片區多年來的的交通堵塞問題。
月台實行軟隔斷，即商務車卡候車區域由鐵馬圍住，在「商務車卡核准機」處由車站人員把守，月台不設閘機。 若深圳通已經過核准又臨時不希望乘坐商務車卡的乘客，可以在核准後20分鐘內，前往客服中心復原核准後改乘普通車卡並按普通車卡收取票價及恢復相應乘車優惠。 乘坐商務車卡並不保證一定有座位，在高峰時段，乘客進入商務車卡後仍可能需要站立乘車。 MOVIA電列車組：深圳地鐵一期工程的列車為龐巴迪運輸公司設計的MOVIA電列車組，共22列。
深圳地鐵: 线路、票价查询
2019年3月30日，11號線的商務車卡開始支援掃碼支付乘車，乘客在11號線車站月台核准機處刷碼核准後即可乘坐。 三號線公司於2008年3月向北車長春軌道客車訂購24列，用於3號線初期工程，後增加19列用於3號線西延段，總計43列。 2013年6月6日，南京浦鎮車輛廠與深圳地鐵集團簽訂33列198輛增購列車合約，首列車於2015年2月9日抵達橫崗車廠。 與港鐵相仿，深圳地鐵的站名短小精闢，一般為2或3個字，少數為4個字（「站」字不計在內，惟深圳北站是例外），5個字的站名只有一個（深圳灣公園站），尚無6個字以上的站名。 例如「深圳大學」簡稱為「深大」，「寶安體育中心」簡稱為「寶體」。 一些車站為了方便乘客，會在站名後以括號的方式標註別名，例如塘朗站標註為「塘朗（南方科技大學）」，翠竹站標註為「翠竹（留醫部）」。