2004年地鐵公司將南港島綫拆開兩邊，東段由鴨脷洲接駁去金鐘，西段就同西港島綫合併，由黃竹坑接駁去西營盤。 2005年地鐵公司再改方案，西港島綫用延長港島綫方式去起，南港島綫西段接駁去香港大學，不過嗰時政府一路未拍板起唔起。 而翌日（2019年6月13日）凌晨5時許，港鐵曾宣佈會重開車站，但大約於半小時後表示因警方要求仍然關閉，市民批評港鐵沒有事先預告，同時認為政府漠視小市民利益。 1985年5月31日，港島綫第一期（金鐘至柴灣）啟用，金鐘站暫時成為港島綫西行方向的終點站，當時港島綫列車落客後需進入金鐘側線掉頭。 為方便乘客慣性流向，當時月台的安排是荃灣綫往中環方向的月台及港島綫往柴灣方向的月台設於L2層；而港島綫的終點站月台與荃灣綫往荃灣方向的月台則設於L3層，乘客可以橫跨月台轉乘另一條路綫之列車。
- 最後，港鐵於2011年5月3日宣布，上環站將於同年8月5日至8月8日停運，比傳聞提早了兩個月實行。
- 根據「我們未來的鐵路」第二階段公眾諮詢，南港島綫西段將細分為兩段，分別是香港仔段及薄扶林段，以華富站作為分段點。
- 另外，南港島綫全長只有7公里，同時運行的列車數目較少，再生制動中所產生的電力，不一定全數可由其他列車即時使用；為此，港鐵引入超級電容儲能系統（Super Capacitor Storage System）將剩餘能量儲存，以驅動下一班列車。
- 在交通效益方面，由於南港島綫為一直未有鐵路通達的南區，以及現時已有鐵路行走的香港島區提供快捷、可靠、方便的交通服務，把南區跟市中心商業區，縮短這些地區與香港其他地方的距離。
- 港鐵方面2014年5月承認西營盤站連接皇后大道西及第一街出口的隧道工程，因土質太軟要改變鑽挖方法，引致進度受阻，該站或未能於12月西港島綫通車時啟用。
- 2009年7月13日：港鐵公司與政府就西港島綫簽訂協議，標誌著其工程正式展開，訂明目標通車日期為2014年8月。
田灣站：此站的提議於《鐵路發展策略》便已出現，作為當時南港島綫縱線及橫線之間的轉車站，連接南區及金鐘，但其後南港島綫的計劃有變，改為在香港仔隧道一帶連接港島南北，加上田灣的人口較少，因此再沒有於該處設站的需要。 2013年2月，香港政府路政署展開「我們未來的鐵路」第二階段公眾諮詢，建議把南港島綫（西段）再細分為兩段，分別是香港仔段及薄扶林段。 根據分析，可先興建香港仔段（黃竹坑站至華富站一段），因該區人口密度較高，料未來有較大運輸需求增長，透過香港仔段已能夠滿足南區西部大部分居民的需要。 而薄扶林段（香港大學站至華富站一段）該區居民較常以私家車代步，但仍需預留發展空間以便未來可考慮興建薄扶林段。 南港島綫（西段） 2014年1月15日，時任香港行政長官梁振英透過《2014年度香港行政長官施政報告》宣佈重建華富邨，同時考慮興建南港島綫（西段）以配合該區域的人口增長。
南港島綫（西段）: 香港仔站
報告亦提出在附近補種樹木，以及在營運期間使用有顏色的隔板，避免鷺鳥撞擊。 報告當時預計「不會顯著影響鷺鳥的存活及繁衍的成功率」，指出全面緩解措施對鷺鳥覓食及棲息是可接受水平。 南港島綫（西段） 不過漁護署發現黃竹坑棲息的鷺鳥於2012及2013年已經遷往大樹灣及鴨脷洲，而補種樹木的地點未能夠吸引鷺鳥棲息。 南港島綫（西段） 區議員柴文瀚批評港鐵交代不盡不實，又指政府批出價值數以百億計的土地予港鐵，卻只依賴港鐵滙報進度，未有自行估算完工日期，做法不能接受。 港鐵公司估計，南港島綫繁忙時間的客流預計只有約為每小時20,000人次（單向計算），但現時港鐵系統（重型鐵路系統）的最高載客量則可達75,000人次（單向計算）。 另外，根據金鐘站指示牌，東段確定營運名稱為南港島綫，而英文則為South Island Line。
兩個車站建議選址分別位於映灣園一期往東約500米處；及逸東（一）邨福逸樓之西南位置。 本來機場鐵路全綫為四軌設計，但由於當時中華人民共和國政府對機場核心計劃的造價與英國政府出現嚴重分歧。 南港島綫（西段） 後來當英方作出多項讓步後，當中包括將機場鐵路的西隧、青嶼幹線和北大嶼山公路段更改為雙線設計（奧運至荔景段則於通車初期為雙線，但預留四線設計，並於南昌站通車同時加建另外兩條行車線），才能達成協議。
南港島綫（西段）: 月台
她表示，如獲財委會批准撥款，運房局計劃在今年上半年展開研究，以期在2020年完成。 工聯會立法會議員麥美娟指出，現時屯門公路塞車情況嚴重，急需解決，希望政府在研究時，要考慮元朗和屯門新發展區的新增人口，盡快完成研究，展開工程。 香港文匯報訊（記者 文森）立法會工務小組委員會昨日以14票贊成、8票反對，通過支持政府向財務委員會申請8,770萬元撥款，就興建連接元朗至北大嶼山的十一號幹線展開可行性研究。 使用單程票的乘客如須於尖東／尖沙咀車站轉乘，須先購買往尖東／尖沙咀站的車票，出閘後購買另一張單程票繼續車程。 不過，文件顯示南港島綫東段列車的啤鈴箱和齒輪箱，分別超出上述限界最多達46.8毫米（mm）及25.8毫米。
2010年11月30日，行政長官會同行政會議根據《鐵路條例》批准進行南港島綫（東段）鐵路項目，預算造價增加至約123億至126億元。 2007年3月15日，南區居民梁先生在2007年行政長官選舉論壇質問候選人會否落實興建南港島綫，曾蔭權承諾只要兩鐵合併成功，便會落實興建南港島綫。 2007年10月10日，行政長官曾蔭權於施政報告中表示，南港島綫將會落實興建，預計於2011年動工，2015年完成。 由香港鐵路網 HKRail.NET製作，以創用CC 姓名標示-相同方式分享 4.0 國際 授權條款釋出。
南港島綫（西段）: 服務時間及班次
為避開擠迫情況，有部分荃灣綫乘客會選擇在金鐘站4號月台（荃灣綫往中環）上車，當列車到達中環站後不下車，留在車上原車返回前往荃灣站沿途各站；亦有前往港島綫往柴灣站沿途各站的乘客在到達金鐘站時選擇不下車，繼續直接前往中環站轉車。 有網民以「屍殺列車」形容該站的擠迫情況，而立法會議員林健鋒更曾形容如果有人帶麵包上車，下車時會變成麵粉，隨時20分鐘亦未能上車。 南港島綫（西段） 金鐘站共設有8個出入口，主要連接金鐘各建築物及購物中心的地庫，乘客可直接經車站通道前往大堂，部分出入口鄰近主要街道、中區行人天橋系統及公共運輸交匯處。
另外，因應東涌東未來的發展，現正進行諮詢的『東涌新市鎮擴展研究』亦建議因應發展，於東涌東填海區增設東涌東站，以服務該區居民。 西營盤段、香港大學段及堅尼地城段成立了3個社區聯絡小組，定期舉行簡報會介紹工程進度及影響。 社區聯絡小組的成員包括當區區議員、地區組織代表、政府部門代表例如民政事務總署、路政署、運輸署、地政總署及環境保護署。 香港大學站於地鐵規劃時命名為大學站，而九鐵已經有一個車站命名為大學站（位於香港中文大學）。 但隨後2007年地鐵及九鐵合併為港鐵，車站名稱（大學站）不可能重疊，因此大專網絡界就香港中文大學附近的「大學站」會否更名為「馬料水」之事宜惹來一連串討論及爭議。
南港島綫（西段）: 南港島綫中途站（已取消）
乘客可通過香港站經轉乘通道前往中環站轉乘港島綫，在平日繁忙時間起到分流作用，然而由於東涌綫在非繁忙時間的班次疏落，故分流效用不太高。 當中南港島綫5、6號月台設於車站L6層，月台則採用有別於港島綫／荃灣綫月台的灰白色，兩個月台均為前往海怡半島站，南港島綫列車於抵站上落客後便會改以相反方向行駛。 而東鐵綫7號月台為前往羅湖／落馬洲站的上客月台；而8號月台則為落客月台，當東鐵綫列車抵達8號月台清客後便會駛往位於金鐘站以南的越位隧道，然後會以相反方向駛進車站7號月台接載乘客或返回何東樓車廠。 東涌綫途經港九新界的核心地帶，除香港站外的車站皆位於西九龍填海區（如九龍、奧運、南昌），以及後期發展的新市鎮（如青衣、東涌）。 因有龐大使用人流，在星期一至五繁忙時間及星期六早上會加開往返青衣站至香港站短途列車，以一班東涌站及另一班以青衣站為總站梅花間竹形式運作。
- 其中香港大學站的港島綫月台採用島式月台設計，而南港島綫（西段）月台則設於其下層。
- 西營盤段、香港大學段及堅尼地城段成立了3個社區聯絡小組，定期舉行簡報會介紹工程進度及影響。
- 運房局確認已於2019年6月邀請香港鐵路有限公司提交南港島線（西段）的建議書，途經港鐵站包括黃竹坑、香港仔、田灣、華富、數碼港、瑪麗醫院及香港大學。
- 行政長官林鄭月娥指出南港島線西段是2014年7個建議興建的鐵路項目之一，惟至今所有項目均未落實規劃，其中一個原因是政府及港鐵忙於處理現有鐵路問題。
- 「東涌－南昌全月通加強版」適用於無限次乘搭東涌綫（往來東涌至南昌站），而「東涌－香港全月通加強版」適用於無限次乘搭東涌綫沿綫各站；使用該月票往來非指定車站之連接車程可享額外正價車費75折優惠（羅湖站或落馬洲站除外）。
金鐘站：南港島綫及東鐵線（過海段）的金鐘站新月台將在現有金鐘站東面擴建，讓乘客可以轉乘東鐵綫、港島綫、荃灣綫及南港島綫。 根據港鐵的刊憲方案，將會在現有車站以東的夏慤花園地底興建供南港島綫及沙中綫使用的大堂及月台，其中南港島綫月台設於擴建後車站的最下層，而沙中綫（東鐵線南延伸）月台設於其上層，方便乘客轉乘兩綫，車站擴建部份並會以扶手電梯連接原有大堂及各月台。 雖然沙中綫（過海段），即東鐵線南延伸段會較南港島綫遲落成，但在興建南港島綫時仍會先為沙中綫（東鐵線南延伸）預留設施，以減低日後工程難度。 2002年，香港政府邀請地鐵公司（今港鐵公司）進一步研究南港島綫的發展方案。
南港島綫（西段）: 服務時間
2011年5月18日，行政會議通過南港島綫（東段）的財務安排。 政府會批出黃竹坑邨的地皮予港鐵發展，令這個耗資124億港元的工程得以進行。 港鐵指，在是次的班次調整下，港島綫、荃灣綫及觀塘綫將會加密星期五晚間時段、周末和公眾假期日間、傍晚及晚上的班次至約2.4至6.2分鐘一班。
在交通效益方面，由於南港島綫為一直未有鐵路通達的南區，以及現時已有鐵路行走的香港島區提供快捷、可靠、方便的交通服務，把南區跟市中心商業區，縮短這些地區與香港其他地方的距離。 由海怡半島站至金鐘站的車程只需11分鐘，不但提供快捷的交通服務，也比巴士快15至30分鐘車程。 因此本綫可望使路面交通暢順，減少市民乘搭交通工具所需時間。 加上灣仔、銅鑼灣、上環、金鐘和中環的交通擠塞情況將可得以紓緩。 由於香港仔隧道擠塞的問題，南區的居民大都支持興建南港島綫。
南港島綫（西段）: 車站及行車路綫
政府預計，有待華富邨居民遷移至接收屋邨，騰空邨內空間作為鐵路工地後，才開展南港島線（西段）相關工程。 2011年6月19日：有一位居住海怡半島居民申請司法覆核，希望叫停南港島綫（東段）工程。 入稟狀指，興建鐵路會造成環境污染，路面會滿布灰塵，樹木也會枯萎，甚至連建築物都會被破壞。 例如位於鴨脷洲的足球場可提供給居民晨運及舉辦活動等之用，如建築鐵路可對這些活動造成影響，就連行人路都會被破壞， 南港島綫（西段） 此外，入稟狀又認為，由於興建鐵路的工人大多是南亞裔及內地的人士，本港居民應多加留意人身安全。 政府興建鐵路會令到地區人口增加，而人口增加亦有可能帶來家庭暴力及財物損失等社會問題。
香港仔站（Aberdeen Station）是港鐵南港島綫（西段）一個位於南區的未來中途站，該站位於香港仔中心之東北一帶。 即香港仔中心之東北一帶，位於香港仔的中心，可以通香港仔南北部。 值得留意的是，該站是南港島綫所有車站中唯一一個使用兩層側式月台，以遷就已發展的建築物。
南港島綫（西段）: 南港島綫（西段） 本文重定向自 南港島綫（西段）
金鐘站是荃灣綫及港島綫唯一的跨月台轉車站，兩綫月台均設於車站L2、L3層，港島綫的乘客可以走到對面月台直接轉乘荃灣綫之列車前往目的地，反之亦然。 由於荃灣綫路軌位於夏慤道及海富中心地底，港島綫路軌位於德立街地底，故由於地理環境所限，為方便港島綫路軌在德立街往灣仔站方向伸延，故月台及L1層大堂由西至東則呈長度遞增現象的「八」字，而月台候車空間亦因而寬闊，並為金鐘站一大特色。 根據港鐵向香港立法會提交的文件披露，東涌綫最繁忙時段載客率在2014年和2015年均為85%（以車廂每平方米站立4人計算），最繁忙路段在奧運站至九龍站之間。 雖說如此，由於本綫班次較疏（因部份路段需與機場快綫共用路軌，繁忙時間班次也不能比3.5分鐘一班更密），因此即使載客率相對較低，繁忙時間乘客逼滿本綫車站月台和車廂的情況依然常見。 政府於二零二零四月，就東涌綫延線工程向立法會透露港鐵建議書內容，包括於東涌興建兩個新車站，為東涌新市鎮擴展區提供鐵路服務，與及建議在香港站東面建造機場鐵路掉頭隧道延展段餘下的一段(長約 460 米)，使東涌線和機場快線能以最高設計容量運作。
但在2013年的「我們未來的鐵路」研究顧問再次指出可考慮興建車站服務瑪麗醫院一帶。 黃竹坑站：乘客可於黃竹坑站轉乘南港島綫（東段）及南港島綫（西段），但車站將不會為乘客提供跨月台轉車安排。 華富站：車站將會服務香港島南區瀑布灣及雞籠灣，即華富邨、華貴邨及置富花園一帶。 車站位置定於華富邨華安樓與華樂樓之間的華富道地底，而該站將會採用島式月台設計，亦預計會配合華富邨重建。 关于2014年港鐵港島綫向西伸延的路線，请见「港島綫西延」。
南港島綫（西段）: 轉乘站
不過，有關建議已於本月初被港鐵總機電工程師梁志立否決，指該建議未有顧及各種可能性，需重新計算和討論。 時任立法會交通事務委員會副主席范國威批評，港鐵把關不力，並指若延遲通車，等同浪費公帑，港鐵應向公眾解釋原因及修補方案。 港鐵公司估計，南港島綫繁忙時間的客流預計只有約為每小時20,000人次（單向計算），而現時港鐵市區綫（重型鐵路系統）的最高載客量則可達75,000人次（單向計算），因此南港島綫較適合採用中型鐵路系統。 為此，港鐵2011年斥資5億4100萬港元向中國北車集團長春軌道客車訂購10列由中國北車長客生產的列車，每列有3卡車廂。 港鐵表示，南港島綫的3卡車設計，是根據當局人口及經濟活動規劃，以及預計乘客量而定，足夠應付至2031年時的載客量。
南港島綫（西段）: 通車日期
陳帆表示，政府會盡量配合華富邨重建，適切調整公共交通服務。 在敲定南港島線（西段）的鐵路方案前，政府會按既定程序就方案細節諮詢公眾。 另外，也有部分旅客與灣仔、銅鑼灣及東區居民在金鐘站外的巴士站乘搭新巴15線，或步行至山頂纜車花園道站前往太平山山頂，故金鐘站乃港島區重要的交通樞紐之一。 在2016年南港島綫通車及1994年城巴開辦171線前，更有不少旅客在金鐘站巴士總站乘搭城巴629線前往海洋公園。 東鐵綫過海段於2022年5月15日啟用後，金鐘站成為4條港鐵路綫的「超級轉車站」。
南港島綫（西段）: 機場鐵路
〈【觀塘延線通車】小巴生意料跌兩成 紅VAN推2元優惠價搶客〉，《香港01》，2016年10月23日。 遇上傳染病爆發高峰期，乘客在吉車遊街的巴士上，可以選擇跟其他乘客分隔較遠，保持社交距離，以及減少病菌或病毒透過公用設施（例如扶手）傳播他人的機會。 過海隧巴106線由小西灣開出，但需繞經筲箕灣、北角及天后才前往九龍，車程極度冗長，柴灣居民選用其他轉乘方法遠比106線吸引。 2016年11月港鐵經評估後，工程由原訂超支9.27億增至12.17億元。
若原有優惠票價低於$2.0，受惠人士只須支付該原來優惠票價；而60至64歲香港居民使用樂悠咭原有全費票價低於$2.0，受惠人士只須支付該原來全費票價。
為盡早規劃南港島線（西段），政府去年底收到港鐵的項目建議書，相關部門正在研究，並會因應薄扶林南部近華富一帶的發展情況、華富邨重建時間表和「躍動港島南」的發展，適切考慮項目未來路向。 南港島綫北面總站金鐘站同時亦是一個轉車站，港鐵將原有金鐘站向東擴建，使乘客可於該站轉乘南港島綫、港島綫、荃灣綫及東鐵綫。 因應全自動列車控制系統，法國MBD設計事務所設計的列車採用無駕駛室開放式設計，車廂內闊約2.8米，車廂座位兩側設計更參考梳化造型，讓乘客在享受寬敞空間之餘，亦可以透過擋風玻璃，盡覽沿途景色。