使用本系統購票/取票/退票者，每張乘車票便利商店將收取手續費10元。 如旅客於門市印製票券後，因任何原因自行放棄領取票券，門市得自行將票券退票或採其他適當方式處置，旅客同意事後放棄異議或請求任何賠償。 在手機 APP 中進行退票就可以了，點開我的車票 → 台鐵退票超商 點想退票的車票 → 查看票證資訊 → 編輯 → 退票。
目前台鐵最高級別的列車是自強號，自強號又有普悠瑪號和太魯閣號這兩種新自強號，列車只會停靠大站。 莒光號是台鐵的第二級列車，因為停靠比較多車站，行駛速度較慢，目前逐步淘汰中。 而復興號是第三級的對號列車，目前少量營運，預計2024年就會被淘汰。 如果以行車速度來排列，最快的是普悠瑪號、依次為太魯閣號、自強號、莒光號、復興號。 台鐵退票超商 在超商或郵局辦理退票時，原本支付的取票服務費(8元/每張)不予退還，不過退票手續費依照台鐵局規定，待售業者不得另外收取退票服務費。
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使用台鐵e訂通 APP可以在「我的車票/訂票紀錄查詢」輸入身分證字號/護照和訂票代碼來完成付款或取票。 如果使用手機APP取得QR Code乘車條碼後，就無法在車站窗口或自動售票機取得紙本車票，進出自動驗票閘門時只需要感應就可以進出站。 在無自動驗票閘門的車站，就必須開啟 APP 並出示手機票證予站務人員核對。 如果是搭乘屬於非對號列車的區間車，目前無法在線上訂票，只能在車站售票窗口購買到乘車日4天內的車票(含當日)。
使用線上訂票系統，查詢列車時刻/車次時選擇「接受轉乘」，系統就會顯示出轉乘的班次。 台鐵退票超商 由於線上訂票系統無法訂購區間車，只能購買對號列車的部分，兩段的搭乘就需要分開購買車票。 搭車時，正確且不會遇上問題的方式是搭乘第一段班車，出站後再使用第二張票卡搭乘第二段班車。
台鐵退票超商: 火車票退票超商在超商退票須知1. 退票金額一次限新台幣1,0000 元以下 – 台鐵的討論與評價
退換票收票價10%手續費，請將「完整票券、姓名、電話、銀行存摺封面影本以掛號寄至「104台北市中山北路2段61號3樓，全網購票網收」。 退票收件截至車票搭乘日前1日，郵戳為憑，逾期恕不受理。 手機取得 QR Code 電子車票直接通關，享受快速方便又環保的乘車體驗！
已取車票(含T-EX取票)：無法於ibon售票網站辦理變更或取消，至遲請於發車前30分鐘持票至高鐵車站售票窗口辦理變更退票，或於原取票之便利商店辦理退票，票款一律扣除手續費用後退回現金。 使用本系統辦理退票，每張乘車票須收取 20 元手續費（含高鐵退票手續費 10 元及便利商店服務費10元）。 如為颱風因素，且經高鐵公司公告受颱風影響期間退票免收手續費者，可持票至高鐵車站辦理退票；如欲使用本系統於發車前30分鐘前辦理退票，「高鐵退票手續費」雖可免收，惟「便利商店服務費」仍須依各業者規定收取。 本系統不提供乘車票變更服務，最遲請於列車出發時間前 30 分鐘前，至車站辦理行程變更作業，或於便利商店辦理退票後重新購買。 國光客運說，即日起民眾可使用ibon機台退票，使用ibon購買的車票，退票時可將同一筆訂單編號中，全部或部分車票辦理退費；但若只要退回程車票，仍須至全省國光客運車站櫃台辦理。
台鐵退票超商: 新里程碑！12／1起10家行動支付可購台鐵票 明年增「超商退票」
旅客於海上颱風警報發布期間至局外代售車票之郵局或各超商通路業者退票，仍須扣收退票手續費，請至車站辦理退票，方可免扣退票手續費。 台鐵退票超商 非對號列車車票或未指定車次對號列車車票，最晚應於乘車日當天向本局各電腦連線售票站辦理退票；對號列車車票，應於列車開車前辦理退票，逾時不予受理。 換票.遺失票：換票視同退票處理，敬請於退票後，再自行購買所需票券。 遺失票券(劃位票)須於開演24小時前聯絡ibon客服進行登記，並於 登記後在現場出示購票證明、切結書、報案三聯單、身分證明文件始得入場。 如未登記或應出示之單據不完整者，不得入場，票券毀損或無法辨識者等同遺失票處理。 請於統一超商ibon機台「票券中心」選擇「台灣高鐵」，於「取票」功能輸入身分證字號後四碼和訂位代號，領取小白單後於櫃檯取票。
無座票可以在車站售票窗口、對號列車自動售票機、網路訂票系統購買。 使用無座票網路訂票系統只能在乘車日當預訂，且距開車前一小時以上。 成功訂票後可以在線上使用信用卡付款，或在開車前30分鐘於車站窗口或對號列車自動售票機付款。 普悠瑪號和太魯閣號的無座票只能在車站車站窗口或對號列車自動售票機取票。 在颱風天期間，如果預訂的火車班次在海上颱風警報發布日到警報解除的期間，因列車停駛、未及搭乘、無法搭乘的旅客，都可以在乘車日的一年內到車站售票窗口辦理退票。 持未經使用的車票都可以辦理全額退票，不另收取手續費。
台鐵退票超商: 9前台鐵車票「退票免手續費」 3種途徑退費方式出爐
使用網路訂票後，可以於全台4大超商（7-11、全家、萊爾富、OK超商）取票，每張收費8元。 前往超商使用多媒體機，根據指示在「訂票查詢」輸入身分證字號/護照號碼和訂票代碼查詢票券，確認後列印出條碼繳費單，於10分鐘內至櫃台付款取票即可。 如果訂票後已經在線上付款，可以攜帶身分證字號/護照，連同訂票代碼在火車站的購票窗口取票。 如果訂票後未付款，在車站窗口可以使用現金、信用卡、行動支付（Apple Pay、Samsung Pay、G Pay、Hami Pay、台灣Pay）付款後取票。 台鐵大部分的車站售票窗口都有電腦連線作業，取票地點不一定要在出發站，只要有售票業務的台鐵車站即可。 使用電子票證（悠遊卡、一卡通、愛金卡、有錢卡）搭火車屬於無座票，卻可以享有優惠。
訂票網頁中文版輸入身分證字號者，因會查核身分證字號編碼邏輯，僅可以中華民國國民身分證號輸入。 僑胞及外籍人士等無身分證字號者，請在訂票網頁輸入護照號碼或居留證號碼訂票。 正值暑假旅遊旺季，不少人都會往離島跑，但海象難測，尤其颱風來襲時，往返本島、離島間的船班很容易就停駛。 過去不少人都曾遇過因受困離島，沒有船班可返台搭乘原本已訂好的火車，徒增不少困擾。 部分業者門市未鋪設多媒體機台或部分鄉(鎮)/離島未設立門市，取票後可能無法就近退票。
台鐵退票超商: 小站或支線 系統自動挑選最佳轉乘路線
演出前未於退票期限內寄達者，將依退票申請表上之聯絡方式，通知申請人自行提供回郵信封(請註明收件地址)取回票券，若無法和申請人取得聯繫或無法達成取回票券共識者，ibon將不負票券保管或任何其他責任。 例如：9/1上午刷卡付款一張9/6車票100元，下午進行線上付款取消，依據退票手續費，應付手續費20元，因同日(9/1)刷付又刷退，商店尚未向銀行進行請款即退款，故您的帳單僅會顯示20元手續費，因無請領票款故無退款。 此外，持超商7-ELEVEN車票至超商ibon機器退票仍須扣收退票手續費，請改至統聯客運臨櫃辦理，即可不收退票手續費。
若仍無法完成結帳，則請您致電發卡銀行，確認3D驗證資料是否正確；若您的卡片持續發生無法刷卡的情形，建議您可更換其他信用卡並重新購票，或改用其他購買方式。 提醒您，若您未付款完成且系統未顯示已訂購完成時，訂單或交易仍未成立。 您於取消付款後，系統即自動辦理退票作業流程，預估1-2 台鐵退票超商 個工作天退還至您的原刷付信用卡。 本局線上付款1筆交易對應1筆授權碼，若您的付款與退票操作發生於同一日，因同1筆授權碼尚未請款即辦理退票，因此本局僅會請領相對之手續費，帳單亦僅會顯示退票手續費，建請比對銀行授權碼與交易時間，切勿混淆不同交易。 票券若在台灣高鐵購買，需持原車票到車站售票窗口辦理退票；在超商購買之乘車票，可至設有多媒體事務機之超商門市或高鐵車站退票；在 T EXPRESS 購票者，直接在 APP 退票。 台鐵退票超商 台灣高鐵表示，因應疫情期間多項活動及行程調整，旅客凡購買5月15日至28日之高鐵車票及各高鐵旅遊產品之車票，退票免收手續費，退票期限則依各產品規定辦理。