通車初期，很多乘客都未習慣繁瑣的轉車過程、以及將軍澳綫的列車班次過於疏落（當時將軍澳綫只有15部列車行走），一度引起混亂。 港鐵側面 油塘轉車站最高峰時曾經有3班來自觀塘綫的乘客在月台上等候轉車。 另一方面，因新路軌與列車的配合問題，加上新路段較多急彎，使新路段的噪音特別大，有關問題直到現在還未有妥善的解決方案。 工程進行時地鐵公司曾標榜新線所採用的新式浮動軌床能減低行車時所產生的噪音，但成效甚微。
東涌綫和機場快綫的列車是由德國的Adtranz公司及西班牙的鐵路建設和協助公司公司聯合製造，行車時速可達每小時135公里，成為全球最快的地鐵系統。 港鐵側面 期後地鐵向南韓的Rotem公司訂購了4部8卡高速列車，為迪士尼綫及九廣西鐵通車後乘客的增加而購入，而首列新列車於2006年2月抵港，第二列新列車於2006年5月抵港，首列新列車於2006年6月中正式載客。 港鐵側面 當年地鐵打算在為港島綫通車後休養生息，暫不再作大投資，而以日資熊谷組為首財團提出以民間興建營運後轉移模式（BOT，建造-營運-移交）形式建東區海底隧道，地鐵當然樂觀其成欣然答允。 1984年初，日本財團提出東隧方案並主動同地鐵接洽，當時地鐵屬意東隧與還有一年通車的港島綫太古站交匯。
港鐵側面: 高速鐵路列車
（資料圖） 對此，大公文匯全媒體向港鐵公司查詢，港鐵回覆指，高速鐵路（香港段）於1月15日重新服務跨境旅客，初期每日提供38.5對短途列車班次，包括新增的廣州東、東莞及東莞南站。 隨着香港與內地恢復全面通關，高鐵每日可供發售車票數量的限制已經取消。 公司將密切留意情況，並與政府及內地相關部門保持溝通，配合政府全面復通連繫兩地。 當日事故發生後，車上600人經油麻地站月台疏散，另有乘客聽到列車廣播後，約150人沿車尾緊急出口行路軌去旺角站，期間有列車經過，疏散程序受質疑。
有乘客不滿「港鐵職員以廣播粗暴喝令乘客落車」，對港鐵安排混亂大表憤怒，但港鐵至今並沒有交代。 當中南港島綫、港島綫、荃灣綫、觀塘綫、將軍澳綫、東涌綫及機場快綫列車均安裝了閃燈路綫圖，供乘客留意列車的行駛方向、停靠車站及轉乘資訊。 港鐵側面 此外，每個港鐵車站亦設有收費電話、自動售賣機及自動照相機等自助服務。 此外，有14個車站設有互聯網服務──iCentre，供予乘客瀏覽網頁，車站包括香港、中環、灣仔、銅鑼灣、鰂魚涌、金鐘、太古、九龍塘、九龍灣、旺角、太子、深水埗、葵芳及荃灣。
港鐵側面: 港鐵冷知識 你又識唔識？
由於單程票是港鐵公司資產，除紀念車票外，出閘機會回收使用。 尖沙咀站及尖東站為兩個獨立車站，單程車票／車票二維碼不可在尖沙咀站及尖東站轉車。 而使用八達通的乘客，於30分鐘內在該兩站轉綫（中途沒有使用八達通進行其他交易超過9次，或是乘搭過其他交通工具），則可連續計算旅程。 城際客運服務曾經是九廣鐵路公司最重要的服務之一，而且是當年興建九廣鐵路的主要原因。 可是東鐵綫的本地客運大幅擴張，使直通車不論增加班次或縮短行車時間上都遇上困難，可能要等待廣深港高速鐵路通車方有改善。 目前共有三條直通車路綫，在香港境內都沿東鐵綫的路綫行走，分別是每日9班的粵港直通車（廣東綫），和每兩日一班的京九直通車（北京綫）及滬九直通車（上海綫）。
2018年傳出港鐵專責維修安全的工程主管考試，可能大規模造假。 有員工指，在參與內部工程主管的考試前，有考生事先獲發全卷答案，現場考官亦會「提水」，確保考生答對才准交卷，相信有關做法與港鐵近年人手短缺有關。 有議員批評靠出貓「上位」的工程主管嚴重威脅前線人員的性命安全，事件更可能違法；港鐵回覆指，調查顯示所有員工均按照指引進行考核。 其後港鐵更在去年工程尾段終止中科餘下工程，涉及金額約7,000萬元。
港鐵側面: 月台閘門和幕門
2019年3月24日凌晨零時許，東涌綫一列開往香港站的列車，行駛途中因架空組件鬆脫，令車頂的集電弓墮下，列車慢駛至欣澳站停下。 受事件影響，機場快綫來往香港站和機場站的列車服務暫停，來往機場站及博覽館站，維持15分鐘一班車，市區預辦登機服務現已暫停。 東涌綫來往香港站至欣澳站列車服務維持10分鐘一班車，來往欣澳站至東涌站列車服務暫停。
2007年於「明報」與香港中文大學市場學（理學）碩士課程合辦的「香港驕傲企業品牌選舉」中獲得「金獎」、「評選團大獎」及「消費者大獎（公共服務業（能源、運輸）類別）」三項殊榮。 2005年獲中國質量協會的「2005全國質量管理獎」及美國國家安全局與埃克森美孚公司聯合頒發的「拓拔‧金寶—優秀安全健康及環境管理國際大獎」（Robert W. Campbell Award）銀獎。 港鐵公司歷年來獲獎無數，例如於丹麥哥本哈根舉行的「2008年度鐵路大獎」中被評選為「亞太區最佳鐵路」、於英國倫敦舉行的「2009年度鐵路大獎」中被評選為「亞太區最佳鐵路」最後五強等。
港鐵側面: 使用車輛
唯港鐵職員沒提供清晰指示，有夫婦排隊到上車一刻才發現上錯車，要重新排隊；將軍澳站職員更發出錯誤資料，派發的「乘車應變錦囊」小冊子列有2013年11月底已取消的692巴士線。 與此同時，將軍澳隧道在半小時內發生兩宗交通意外，共10人受輕傷送院治理無大礙。 至此，有300名前線職員接受過訓練學習使用除顫器，港鐵會試驗1年，然後檢討成效，考慮是否推廣至全香港所有車站。 2007年兩鐵合併時，原有分別適用於前地鐵公司及九廣鐵路公司重鐵系統的附例已合併成為現時的《香港鐵路附例》（第556B章）。
路政署發新聞稿指港鐵有責任確保工程質量符合標準，要求港鐵安排獨立第三方專家進行負重荷載測試，並於一星期內提交報告。 2018年5月30日，蘋果日報報道紅磡站地底新建月台兩幅主要牆身，涉及2.6萬個螺絲帽接駁位近兩成螺絲頭破損或移位，不能與月台層的鋼筋接駁扭緊，而負責承建商禮頓不但未有更換問題部件，反偽裝成功接駁，安排工人將鋼筋剪短。 工程師指有關做法令鋼筋拉力大減，影響結構承重能力，最嚴重可致全層倒塌。 而下層南北走廊（東鐵綫）月台層板搭建後，連續牆的接駁位在2016年6月拍下的相片顯示多處出現滲水。 港鐵一度否認牆身滲水，到媒體公開滲水的影片及相片後，港鐵才改口承認。
港鐵側面: 隧道鑽挖工程
日前，有內地網民在小紅書分享一家人1月20日到香港玩，乘搭東鐵綫時，8歲女兒在月台上車時未有留神，踩空跌落旺角東站月台與車門的空隙中，所幸獲得路人的幫助，女兒得以脫困，更有熱心的年輕男子遞來紙巾安慰哭泣的女童。 女童母親把經歷在小紅書分享，意外獲得過千網民點讚，不少網民分享自己在香港時遇到路人相助的經驗，稱讚香港人熱心。 【Now Sports】在周五投標收購曼聯的死線日前，《電訊報》了解有沙特阿拉伯私人財團介入，準備與英國首富拉傑夫爵士及卡塔爾財團競爭。 格拉沙家族早前確認願意賣盤，並定在今周五為投標截止日，歡迎有興趣買家踴躍參與，但根據傳媒了解，暫時得拉傑夫爵士已正式報價，卡塔爾財團仍未真正「遞紙」。 不過引述《電訊報》消息，在死線日前一天收到通知，來自沙特阿拉伯首都利雅得的財團，已經向格拉沙家族進行了程序上的詢問，準備加入戰團。 去年11月，出任沙特體育部長的阿費薩爾親王曾告訴BBC，倘有財團計劃收購曼聯或利物浦，政府會無條件全力支持。
